के. वि. सं. (क्षे. का.) वाराणसी वर्ष 2012 में अस्तित्व में आया । इसके पहले वाराणसी संभाग या तो पटना संभाग या लखनऊ संभाग में था| वर्तमान में यह क्षेत्रीय कार्यालय ब. रे. का. परिसर, कंचनपुर, वाराणसी में स्थाई भवन में स्थानान्तरित हो गया है। केन्द्रीय विद्यालय संगठन, वाराणसी संभाग के. वि. सं. (मुख्यालय) नई दिल्ली के अधीनस्थ 25 क्षेत्रीय कार्यालयों में से एक है। के. वि. सं. वाराणसी संभाग के अंतर्गत कुल 36 केन्द्रीय विद्यालय हैं एवं 03 के.वि. (बस्ती, न्यू कैण्ट एवं बी.एच.यू. वाराणसी) दो पालियों में संचालित हो रहे हैं| ये सभी केन्द्रीय विद्यालय उत्तर प्रदेश में स्थित हैं | इस संभाग के उपायुक्त डॉ. अजय कुमार मिश्र हैं , जिन्होने इस संभाग में 11 अप्रैल 2023 को कार्यभार ग्रहण किया । इस समय क्षेत्रीय कार्यालय में सहायक आयुक्त श्री दिनेश चन्द मीना, सहायक आयुक्त डॉ. शालिनी दीक्षित , प्रशासनिक अधिकारी श्री संजय कुमार, वित्त अधिकारी श्री ए. के. पाठक तथा अनुभाग अधिकारी (प्रशा.) श्रीमती नीलम पाल हैं।
केन्द्रीय विद्यालय संगठन, वाराणसी संभाग के प्रमुख चार मिशन इस प्रकार हैं –
1. केन्द्रीय सरकार के स्थानांतरणीय कर्मचारियों जिनमें रक्षा तथा अर्धसैनिक बलों के कर्मी भी शामिल हैं , के बच्चों को शिक्षा के सामान्य कार्यक्रम के तहत शिक्षा प्रदान कर उनकी शैक्षिक आवश्यकताओं को पूरा करना ।
2. विद्यालयी शिक्षा के क्षेत्र में श्रेष्ठता और गति निर्धारित करना ।
3. केन्द्रीय माध्यमिक शिक्षा बोर्ड (सी.बी.एस.ई.) राष्ट्रीय शैक्षिक अनुसंधान एवं प्रशिक्षण परिषद् (एन.सी.ई.आर.टी.) इत्यादि जैसे अन्य निकायों के सहयोग से शिक्षा के क्षेत्र में नए-नए प्रयोग तथा नवाचार को सम्मिलित करना ।
4. बच्चों में राष्ट्रीय एकता और भारतीयता की भावना का विकास करना ।